Les données personnelles et biométriques du titulaire sont stockées de manière sécurisée à l'intérieur de la puce électronique de la Carte d’Identité Électronique : la photo, les empreintes digitales et les informations permettant l'identification en ligne.
La présence d'empreintes digitales est importante pour garantir l'identité du propriétaire du document de manière univoque. Ceci fait de la CIE un outil sûr et protégé contre toute tentative de contrefaçon ou d'usurpation d'identité.
Le relevé d'empreintes digitales est prévu pour tous les citoyens âgés d'au moins 12 ans.
Contrairement aux autres informations figurant sur la puce électronique, les empreintes digitales ne sont accessibles qu'aux autorités de contrôle disposant d'autorisations spécifiques. Il n'est en aucun cas possible de lire les empreintes digitales en utilisant un ordinateur connecté à un lecteur de carte à puce ou via un smartphone.
Les empreintes digitales, enregistrées de manière sécurisée sur la CIE et non mémorisées dans d'autres bases de données, ne représentent pas un système de fichage, mais sont une forme de protection de l'identité physique et numérique du citoyen visant à contrer le risque de substitution de personne et d'usurpation d'identité.