V notranjosti mikročipa Elektronske osebne izkaznice so varno shranjeni osebni in biometrični podatki lastnika: fotografija, prstni odtisi in podatki, ki omogočajo spletno identifikacijo.
Prisotnost prstnih odtisov je pomembna za edinstveno ugotavljanje identitete lastnika dokumenta, zaradi česar je CIE varno in zaščiteno orodje pred vsakim poskusom ponarejanja ali kraje identitete.
Odvzem prstnih odtisov je predviden za vsakega državljana, ki je star najmanj 12 let.
Za razliko od drugih podatkov o mikročipu so prstni odtisi dostopni samo nadzornim organom s posebnimi pooblastili. Prstnih odtisov ni mogoče prebrati niti prek računalnika, povezanega z bralnikom pametnih kartic, niti prek pametnega telefona.
Prstni odtisi, ki so varno registrirani v CIE in niso shranjeni v drugih zbirkah podatkov, ne predstavljajo zbirke podatkov, ampak oblika zaščite državljanske fizične in digitalne identitete z namenom preprečevanja tveganja zamenjave osebe in kraje identitete.